O objetivo estratégico do programa de Justiça Climática e Ambiental é reduzir as causas do desmatamento ilegal e de outros crimes ambientais que ameaçam a floresta amazônica brasileira, além de promover a justiça climática no Brasil e no Sul Global, impulsionando o aprimoramento da governança climática e ambiental e tornando as políticas públicas dessas áreas mais eficazes e inclusivas.

O programa tem dois objetivos específicos:

1. A CIPÓ busca promover respostas ​​às mudanças climáticas, especialmente em adaptação. Localmente, a CIPÓ trabalha com comunidades, organizações da sociedade civil, atores do setor privado e do Estado, em diferentes níveis, para gerar metodologias inovadoras para avaliar os riscos, desenvolver respostas aos impactos das mudanças climáticas e promover uma governança climática mais inclusiva. A CIPÓ também mapeia e acompanha as tendências de migração climática na América Latina e no Caribe.

2. A CIPÓ combina pesquisa, advocacy e construção de redes para analisar os atores, as dinâmicas e os impactos dos principais crimes ambientais na Amazônia e Cerrado, incluindo desmatamento ilegal, incêndios provocados pela ação humana, grilagem de terras, extração ilegal de madeira e o garimpo ilegal. A CIPÓ também analisa a relação de crimes ambientais com  atividades ilícitas como corrupção, lavagem de dinheiro e crimes violentos, rastreando seus impactos. Internacionalmente, a CIPÓ trabalha com diferentes atores-chave para melhorar a rastreabilidade e promover cadeias produtivas livres de ilícitos socioambientais (clean supply chains), assim como desenvolver a agenda de Transição Justa no Brasil.